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Piro-secuenciación 454 GS Junior (Roche)

Core Facility de la Facultad de Ciencias de la UACh

AUSTRAL-omics culmina con éxito primera secuenciación masiva

Tecnologías avanzadas en genómica, bioinformática y proteómica.

Como un hito relevante para el desarrollo de las ciencias en el sur del país, fue calificada la primera secuenciación masiva llevada a cabo en la nueva Unidad de Innovación en Biotecnología AUSTRAL-omics, flamante nuevo Core Facility de la Facultad de Ciencias de la Universidad Austral de  Chile.

La Dra. Andrea Silva, directora ejecutiva de AUSTRAL-omics, expresó que el grupo de trabajo se encuentra muy satisfecho con los primeros resultados en secuenciación masiva para el área genómica, que es una de las tres áreas en los que proyecta su trabajo AUSTRAL-omics.

La investigadora señaló que el laboratorio en el área genómica, cuenta con equipo de Piro-secuenciación 454 GS Junior (Roche), que brinda a los clientes un resultado mínimo de 100 mil lecturas, con 400 pares de base como promedio, lo que arroja al menos 40 megas de información. "Sin embargo, en las dos primera secuenciaciones masiva que hemos realizado obtuvimos 65 y 63 megas de información, que mucho más de lo mínimo garantizado por cada corrida de secuenciación. Además los datos obtenidos son de muy alta calidad (Q40) con una probabilidad de error menor a  0.01% en la lectura de cada base", dijo la Dra. Silva.

La construcción del Core Facility, ubicado en el Campus Isla Teja, surgió gracias a la adjudicación de un proyecto MECSESUP AUS0807, presentado por académicos de los Institutos de Bioquímica y Microbiología, junto a los de Ciencias Ambientales y Evolutivas, con el Dr. Alejandro Yáñez como director. Esta Unidad tiene como objetivo central, fortalecer y potenciar sus programas de Doctorado, creando la primera Unidad de Equipamiento Mayor, que alberga equipamiento transversal, de apoyo a ciencias moleculares y biotecnológicas.

Así, la Facultad de Ciencias UACh, cuenta ahora con una plataforma integral en biotecnología, en las áreas genómicas, proteómicas y bioinformática, para apoyar la innovación curricular de los doctorados en ciencia y entregar servicios para el sector productivo y empresarial de la zona sur-austral, con tecnologías antes no disponibles en la Región.

Primera secuenciación

Fue así, como la primera secuenciación masiva correspondió a una "secuenciación metagenómica" que es parte de la investigación de la Dra. Olga Barbosa, del Instituto de Ciencias Ambientales y Evolutivas de la UACh. Esta secuenciación es parte de un estudio cuyo objetivo es determinar la provisión de los servicios ecosistémicos que los remanentes de bosque nativo proveen a cultivos agrícolas, tales como los viñedos de Chile Central.

"Hasta ahora y mediante variadas técnicas moleculares, hemos podido determinar que la presencia de estos remanentes de bosque nativo aportan bacterias y hongos propios de los bosques a estos viñedos. Uno podría preguntarse ¿el "terroir" de nuestros vinos es producto de funciones heredadas de nuestros bosques nativos? Entonces ¿por qué no esforzarnos más en conservar este importante patrimonio natural?" expresó la investigadora.

El estudio es parte del Programa Vino Cambio Climático y Biodiversidad, del Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB-Chile) y la Universidad Austral de Chile en conjunto con diversas viñas chilenas. La Dra. Barbosa agregó que "ahora, mediante secuenciación masiva, queremos determinar a través del reconocimiento del microbioma y sus genes en suelos de viñedos, que funciones ecosistémicos se pierden, se ganan y cuáles permanecen inalteradas al comparar suelos de viñedos y sus bosques adyacentes, que se presentan como grandes parches o bien en forma de corredores biológicos".

Finalmente, AUSTRAL-omics no sólo pretende ser un apoyo vital para los estudios realizados en la propia Universidad, sino también convertirse en un referente biotecnológico a nivel país.

"AUSTRAL-omics, está apoyando actualmente las investigaciones de diversos académicos, y estudiantes de doctorado de nuestra Universidad y adicionalmente estamos comenzando a prestar servicios a otras instituciones universitarias, laboratorios y empresas. Particularmente AUSTRAL-omics, presenta una importante característica: sus tres áreas genómica, proteómica y bioinformática trabajan en forma conjunta y coordinada, lo que hace posible abordar cualquier problemática en forma integral", dijo la Dra. Silva.

cc

rr

Equipo de trabajo en Austral-omics

Director Científico
Alejandro J. Yáñez Cárcamo
ayanez@uach.cl
Profesor titular
Dr. en Ciencias, Mención Biología Molecular y Celular
Instituto de Bioquímica y Microbiología
Universidad Austral de Chile
Isla Teja- Valdivia
Tel: 56 63 221109

Directora Ejecutiva y Encargada Área de Genómica
Andrea Silva
Dra. en Ciencias, Mención Sistemática y Ecología
andrea.silva@uach.cl
Facultad de Ciencias
Universidad Austral de Chile
Isla Teja- Valdivia
Tel: 56 63 293857
Encargado Área Proteómica
Mauricio Hernández
mauricio.hernandez@uach.cl
Bioquímico
Facultad de Ciencias
Universidad Austral de Chile
Isla Teja- Valdivia
Tel: 56 63 293857


Encargado Área de Bioinformática
Cristian Molina
cristian.molina@uach.cl
Ingeniero Bioinformático
Facultad de Ciencias
Universidad Austral de Chile
Isla Teja- Valdivia
Tel: 56 63 293857

Comunicaciones Facultad de Ciencias UACh
prensaciencias@uach.cl


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